Pa beth bynag a ddywedir am eiriad y dyfyniad uchod, rhaid i bawb addef ei fod yn cynwys ffeithiau sydd yn eglur brofi mai Ymneillduwr gonest oedd ein bardd, a'i fod hefyd yn dra phenderfynol i ymddwyn yn ol argyhoeddiadau ei gydwybod.
Yn mhen rhyw gymaint o amser ar ol y dygwyddiad uchod, cymhellwyd ef i fyned i gadw Ysgol Ramadegol yn nhref Pwllheli. Teimlai yntau awydd cryf i dderbyn y cynyg; ond tra y meddyliai am adael ei hen gymydogaeth, dyryswyd yr amcan yn llwyr gan brofedigaeth o'r fath chwerwaf, sef cystudd a marwolaeth ei unig fab, James Ebenezer Thomas.
Pan oedd y bardd oddeutu deg-ar-hugain oed, teimlai raddau o anhawsder gyda golwg ar wirioneddau yr Efengyl. Yr oedd o'r braidd yn gogwyddo at drobwll peryglus amheuaeth. Cynghorwyd ef i ddarllen Paley, Butler's Analogy, a Hall on Modern Infidelity. Ar ol darllen y llyfrau hyn, addefai wrth eu dychwelyd, eu bod wedi rhoddi esmwythdra mawr i'w feddwl. Darllenodd Scott's Force of Truth hefyd; ac ymddengys i'r llyfrau hyn fod yn foddion, yn llaw Ysbryd Duw, i lwyr chwalu ei holl ofnau a'i amheuon gyda golwg ar wirioneddau mawrion Cristionogaeth. Parhaodd am flynyddau wedi hyn heb wneud proffes gyhoeddus o grefydd; ond tua'r flwyddyn 1840, digwyddai gwr ieuanc, ag oedd yn gryn gyfaill iddo, bregethu yn y Capel Uchaf, a'i destyn ydoedd, Paham y sefwch chwi yma ar hyd y dydd yn segur?' Teimlodd Mr. Thomas yn ddwys dan y bregeth, ac nid hir y bu heb ymuno â'r Methodistiaid yn nghapel Seion. Bu yn aelod hardd o'r eglwys hono hyd nes yr adeiladwyd capel newydd yn y pentref, oddeutu deuddeng mlynedd cyn ei farwolaeth. Dyma yr adeg y dechreuodd o ddifrif ar ei yrfa grefyddol, yr hon a fu mor ddysglaer byth ar ol hyny. Wedi i'r capel
