y Presbyteriaid a'r Anibynwyr, yn llawer amlycach nag y bu na chynt na chwedyn. Dau ddosbarth yn cael eu hysbrydoli gan ddwy egwyddor wahanol, yn hytrach na dau enwad gwahanol, oeddent ar gychwyn cyntaf y cweryl â'r Stuardiaid. Ond tuedd yr egwyddorion gwahanol a'u llywodraethent, oedd eu gyrru oddiwrth eu gilydd. A chymeryd golwg eang ar amgylchiadau yr oes honno, yn hytrach na manylu ar ddigwyddiadau unigol, gellir dweyd hyn am y Presbyteriaid a'r Anibynwyr—gan gofio, fel yr awgrymwyd, y cynhwysir y Bedyddwyr yn y term cyffredinol Anibynwyr yn y cysylltiadau presennol:—
i. Yr Anibynwyr, gan mwyaf, a gawsant ddioddef pwys a gwres y dydd yn y frwydr â byddinoedd Siarl: y Presbyteriaid, gan mwyaf, a fedasant, ar y dechreu, ffrwyth y fuddugoliaeth a enillwyd.
ii. Ymladd dros egwyddor rhyddid, yn wladol a chrefyddol, yr oedd yr Anibynwyr; ymdrechu dros sefydlu ffurf arall o grefydd wladol yn lle'r un Esgobyddol, yr oedd y Presbyteriaid.
iii. Yr oedd yr Anibynwyr yn foddlon caniatau Sefydliad Gwladol o Grefydd, ar yr amod fod goddefiad cyffredinol o'i mewn; ni fynnai'r Presbyteriaid nac Esgobyddiaeth nac Anibyniaeth yn yr Eglwys. Fel canlyniad, naturiol efallai, i i. a ii.,
iv. Yr Anibynwyr gondemniodd Siarl, ac a dorrodd ei ben ef; gwrthwynebid hyn yn boethlyd gan y Presbyteriaid.
v. Ar farwolaeth Cromwell mynnai'r Presbyteriaid ddwyn Siarl II. yn ol i'r Orsedd, a chan wybod na chefnogid hwy yn hynny gan yr Anibynwyr, aeth y Presbyteriaid tu cefn iddynt, gan wneud cyfamod dirgel â Siarl yr estynnai efe iddynt dorthau a physgod yr Eglwys pan eisteddai drachefn ar orsedd ei dad.
vi. Wedi tori o Siarl yr amod hwn, ac wedi ceisio o hono wthio Esgobyddiaeth arnynt drachefn, y trodd y Presbyteriaid eu cefn ar yr Eglwys Wladol, ac yr ail ymunasant a'r Anibynwyr.
Pan drown oddiwrth y wedd wleidyddol at yr un Eglwysig, cawn ymhellach y gwahaniaethau hyn:
vii. Ordeiniai'r Presbyteriaid ddyn i waith y weinidogaeth mewn ystyr gyffredinol; ordeiniai'r Anibynwyr ef i Eglwys neillduol.
viii. Edrychai'r Presbyteriaid ar y weinidogaeth fel urdd; cyfrifid hi gan yr Anibynwyr, yn unig fel swydd.
ix. O ganlyniad, anghymeradwyai'r Presbyteriaid bregethwyr lleygol; cymhellid y cyfryw gan yr Anibynwyr i bregethu, os yn meddu cymhwysderau at hynny.