Gofynnodd John Davies wedi clywed y gŵyn, beth a feddylid wrth bregethu Crist, a phryd y gellid dweud bod y gennad yn pregethu Crist? Caeodd hyn enau pawb, a darfu'r gŵyn y noson honno gyda phleidlais o fwyafrif mawr o blaid y gweinidog.
Er hyn i gyd agos ac annwyl oedd perthynas John Davies â'r eglwys yng Nglandŵr hyd fore Sul, Hydref 4ydd, 1863, pryd y daeth ei gysylltiad â'r eglwys i ben mewn ffordd gynhyrfus os nad trychinebus. Ac fel hyn y digwyddodd. Ar fore Sul Cymundeb o'r dyddiad uchod wrth nesáu ohono at ddrws y capel, cafodd fod y drysau dan glo, heb neb yn gwybod dim am yr allweddau, a'r gynulleidfa yn disgwyl agoriad i'r Cysegr er cofio am Angau'r Groes. Gwelodd y gweinidog y sefyllfa ar unwaith, a deallodd fod rhyw elynion wrth wraidd y peth, a chan droi at y gynulleidfa i'w chyfarch yn wyneb y digwyddiad, dywedodd fod arno ofn y gallasai barn Duw ddod ar y troseddwyr. Cafwyd yr allweddau'n fuan ar ôl hynny mewn cist a berthynai i un o ddiaconiaid yr eglwys, a pharodd hyn gynnwrf mawr. Ond pwy a'u gosododd yno? Adroddir mwy nag un stori i geisio egluro'r anfadwaith, ond nid ydym eto yn ddigon pell o ran amser a chysylltiadau teuluaidd i gynnig esboniad manwl ar y digwyddiad, na chwaith i ddefnyddio enwau. Bernid yn weddol gyffredinol bod symudiad y Llythyrdy o Landŵr i Hebron dan wraidd. y teimladau chwerw a ffynnai yn rhywrai am iddynt dybio yn gwbl ddisail mai John Davies a fu'n ymgynghori ag Awdurdodau'r Llythyrdy yn Llundain i'r perwyl o symud y Llythyrdy. Nid oedd holl elynion John Davies yn rhifo mwy na phedwar ar ddeg y fan
