yn hytrach na dilyn llais y mwyafrif. Ei ateb i'r cyhuddiad o Annibyniaeth oedd ei fod yn ofni bod tuedd y Corff yn arwain i Babyddiaeth. Y mae'n amlwg gan hynny ym mha gyfeiriad yr oedd tuedd Emrys. Helaethir ganddo ar yr un pwnc mewn paragraff o Lythyr Alltud lle y gesid argyhoeddiad yr unigolyn ymhell uwchlaw buddiannau unrhyw gorfforaeth eglwysig. Y meddyliwr a effeithiodd drymaf o bawb ar ei feddwl, ar ei arddull, ac ar ei holl weithgarwch llenyddol oedd Paul-Louis Courier. Gwrth-glerigwr tanbaid oedd Courier, a'i genhadaeth mewn bywyd oedd ymdrechu i ddiogelu rhyddid barn a llafar rhag cael eu cwtogi gan yr offeiriadaeth a llywodraeth glerigol ei thuedd. Emrys ap Iwan a gyfieithodd i Gymraeg ymosodiad Courier ar y Gyffes Ddirgel.
Paham, ynteu, y gellir dwyn y fath gyhuddiad â Phabyddiaeth yn ei erbyn? Yn bennaf, am iddo ar ôl hir gyd-fyw â Chatholigion rhagorol ar y Cyfandir, ddysgu eu parchu, a gweld mor wael yw llawer o'n rhagfarnau yn erbyn ein cyd-ddynion. Gwelodd nad yw'r eneidiau dethol i gyd yn yr un gorlan. Yr oedd ei enaid a'i feddwl yn ddigon mawr i weld y gorau mewn eraill, a hynny heb iddo
