i'w Dad nefol i'r Hwn yn unig y perthyn dial. Ond pan ddeallodd yr ynad fod Mr. Owen yn wr am heddwch, dirwy odd ef a gwr y ty lle y buasai yn pregethu, a gwerthwyd eu meddianau i dalu y ddirwy. Yr oedd ymddygiad Mr. Owen o dan y cwbl yn hynod o amyneddgar, a thra yr oedd ei wrthwynebwyr yn ymddwyn mor greulon tuag ato, yr oedd yntau yn cael y pleser a'r mwynhad o weddio drostynt. Ysgrifenai at ei gyfeillion o'r carchar, "Os nad oedd yr efengyl yn werth dyoddef drosti, nad oedd yn werth ei phregethu."
Yn mis Tachwedd 1679, priododd Mr. Owen un Mrs. George, o Groesoswallt. Bu iddynt saith o blant, pump o ba rai a fuont feirw yn fabanod, a bu hithau farw Ionawr 1691. Ar yr achlysur pruddaidd hwn, pregethodd Mr. Owen oddiar Dat. xiv. 12, 13. Oddeutu yr adeg yma y symudwyd yr addoldy o Swiney i Groesoswallt.
Ar y 27ain o Fedi, 1681, cymerodd dadl gyhoeddus le rhwng Mr. Owen ac Esgob Caerwrangon, yn Neuadd Croesoswallt. Dechreuodd y ddadl am 2 o'r gloch yn y prydnawn, a diweddodd yn nghylch 9 yn yr hwyr, a dadleuwyd amryw o'r pynciau sydd yn gwahaniaethu Eglwyswyr ac Ymneillduwyr. Gwr da oedd yr Esgob hwnw, heb ddim o'r culni rhagfarnllyd at yr Ymneillduwyr oedd yn ei frodyr, ac yn gwbl groes i'w herlid, ond yn fawr ei sêl am eu dychwelyd i'r Eglwys Wladol. Cymerodd amryw o weinidogion a chlerigwyr ran yn y ddadl hon; ac yn mysg eraill yr oedd Mr. Phillip Henry, a Mr. Jonathan Roberts. Ennillodd yr Esgob parchus trwy ei hynawsedd barch oddiwrth y rhai na chawsant eu hargyhoeddi trwy ei resymau; ffyrnigodd eraill yn erchyll, a daeth gwarantau allan i ddal Mr. Owen, fel na feiddiai fyned o'i dŷ, ond yn y nos. Ond pregethai yno yn fynych i'w gymydogion, y rhai a ddeuent i'w wrando, er ei fod mewn rhyw ystyr fel Paul "yn garcharor yn ei dŷ ardrethol ei hun." Yn y flwyddyn 1693, priododd a'i ail wraig, Mrs. Edwards, o Groesoswallt, yr hon a fu farw yn mis Awst 1699. Ar y 12fed o Awst, 1700, priododd Mrs. Elizabeth Hough, gweddw Mr. John Hough, o Gaerlleon, a merch i John Wynne, Ysw., Coperlenny, yn swydd Fflint.
Yn 1696, derbyniodd wahoddiad taer i symud i Manchester, at gynnulleidfa gref a lluosog; ond gwrthododd y cynhygiad. Yn 1699, derbyniodd ail alwad o'r un lle; a'r un pryd derbyniodd alwad o'r Amwythig, a'r hon y cydsyniodd. Symudodd yno yn gynar yn 1700. Ei brif reswm dros ddewis yr Amwythig yn hytrach na Manchester oedd, am ei fod yn nes i Gymru. Ar ol ei symudiad i'r Amwythig-os nad yn wir cyn gadael Croesoswallt yr oedd wedi gosod i fyny Athrofa ibarotoi dynion ieuainge i'r weinidogaeth, yn benaf er mwyn eglwysi Cymru. Bu llawer o weinidogion dan ei ofal, ac yn mysg eraill bu ei nai, Mr. Jeremiah Owen, a Mr. Thomas Perrot, yr hwn wedi hyny a fu yn athraw yr Athrofa yn Nghaerfyrddin. Heblaw ei dduwioldeb seraphaidd, a'i ddoniau pregethu poblogaidd, yr oedd Mr. Owen yn ysgolhaig rhagorol, fel y rhestrid ef yn mhlith dysgedigion penaf ei oes. Cyfansoddodd lawer iawn o lyfrau Cymraeg a Saesoneg, o ba rai cyrhaeddodd amryw o honynt boblogrwydd mawr.
Trwy ei arferion myfyriol, a chyfyngu ei hunan mor llwyr i'w fyfyrgell, dechreuodd deimlo yn ieuangc oddiwrth ddolur y gareg, yr hyn a'i poenodd yn awr ac eilwaith am ddeng mlynedd ar hugain, ac a ddygodd ei fywyd defnyddiol a gwasanaethgar i derfyn yn anterth ei ddydd. Bu farw Ebrill 8fed, 1706, yn 52 oed, a chladdwyd ef ar yr 11eg o'r un mis, yn mynwent Eglwys St. Chidwella, Amwythig. Pregethwyd ei bregeth angladdol gan
