oedd yn hytrach yn tueddu at ormod awdurdod yn y Cyfarfodydd Misol, ac, ar adegau, yn taro yn lled drwm ar yr hwn a feiddiai ei wrthwynebu. Yr un pryd, yr oedd yn nodedig o dyner o deimladau pregethwyr ieuainc, y gobeithiai fod dim ynddynt tuag at wasanaethu achos Iesu Grist yn y byd. Cafodd John Jones ynddo o'r dechreuad un a'i hedmygai yn ddirfawr, ac un nas gallodd neb ei berswadio i dybied fod dim yn ei athrawiaeth annghydweddol â gair Duw, er y byddai yn teimlo, weithiau, ei fod braidd yn rhy un-ochrog. Pan oedd yr anmhariaeth meddyliol arno, aeth oddicartref heb yn wybod i'w deulu, ar ryw nos Sadwrn, a dygwyddodd gyrhaedd, ar foreu Sul, at Gapel lle yr oedd John Jones yn pregethu. Yr oedd y bregeth wedi dechreu cyn iddo ef gyrhaedd y lle. Aeth i dŷ y Capel. Yr oedd twll yn nhalcen y Capel i lofft y tŷ Capel, y gellid clywed y bregeth yn hawdd drwyddo o'r tŷ. Aeth ê i'r llofft hòno i wrando. Pan oedd John Jones yn rhyw le yn ei bregeth, yn bwrw allan feddyliau nerthol, a chyda hwyl fawr, dyna Mr. Michael Roberts, yn rhoddi ei ben trwy y twll i mewn i'r Capel, ac yn gwaeddi, "Da machgen i; ni ddaeth y pethau yna ddim i ben neb erioed, er dechreu y byd, ond i dy ben di a 'mhen innau.”
Wedi bod heb bregethu am dros dair blynedd-ar-ddeg, a phan oedd oes newydd bellach wedi codi nad oedd yn gwybod dim am dano yn ei rymusder gynt, fe ddechreuodd bregethu eilwaith. Bu yn bresennol mewn amryw Gyfarfodydd Misol yn Lleyn ac Eifionydd, ac unwaith, o leiaf yn Arfon, ac yn pregethu gyda dylanwad mawr. Daeth i Gymmanfa y Bala yn y flwyddyn 1848, a phregethodd yno ar y Green am ddeg ar y gloch, o flaen John Jones, gyda nerth oedd yn synu ei hen gyfeillion; a gobeithient y pryd hyny yr estynid ei ddyddiau am rai blynyddoedd o leiaf i wasanaethu yr achos mawr. Ond yn hyny fe'u siomwyd. Yr oedd y cynhyrfiad yn ormod i'w natur. Methodd a dal iddo. Daeth gradd o anmhariaeth ar ei feddwl drachefn. Adfeiliodd ei iechyd yn dra phrysur, er na ddysgwylid ei ymddattodiad mor fuan. Bu farw "mewn tangnefedd," ac yn ei lawn bwyll, Ionawr 29, 1849, yn 68 mlwydd oed.
Heblaw y golled am ei lafur a'i wasanaeth, fe gollwyd peth dirfawr o hanes Methodistiaeth Cymru yn ei farwolaeth ef. Yr ydoedd ei hunan yn adwaen yr achos yn dda er ys blynyddoedd meithion; ac, er yn blentyn, wedi arfer holi yr hen bobl, yn mha le bynnag y byddai,
