Yn 1793, ar ol marw Griffith Roberts a John Jones, fe benodwyd ymddiriedolwyr ychwanegol, sef Thos. Jones Ffridd, Thos. Owen Penarth, Thos. Rowlands Maesog, John Jones Edeyrn, Robt. Jones Llaniestyn, John Roberts Buarthau, Hugh Williams Drwsdeugoed.
Yn 1794 y cychwynwyd yr ysgol Sul yma. Rhoir yr amseriad hwn, sef tair blynedd a thriugain cyn 1857, mewn ysgrif sydd eto ar gael, ac yn awr gerbron, gan John Owen Henbant bach, yn cael ei gynorthwyo gan John Robert Factory Tai'nlon. Gelwir ysgol Clynnog yn yr ysgrif hon y gyntaf yn Arfon. Yn y llyfryn, Canmlwyddiant Ysgolion Clynnog ac Uwchgwyrfai (t. 12), wrth ddyfynnu cynnwys yr ysgrif hon, fe newidir y tri a thriugain i wyth a thriugain, er mwyn i'r amseriad fod yn flaenorol i'r amseriad a nodir i ysgolion Llanllyfni a Brynrodyn, dan y dybiaeth, mae'n ddiau, fod John Owen a'i gyfaill wedi camgymeryd am y flwyddyn. P'run bynnag a ydoedd John Owen yn gywir neu beidio o ran yr argraff ar ei feddwl mai dyma'r ysgol Sul gyntaf yn Arfon, nid yw'n debyg y camgymerasid y flwyddyn ganddo mewn perthynas â'r hyn a ddygai gysylltiad mor arbennig âg ef ei hun, fel ag a ddangosir yn yr hanes sy'n dilyn. Yr achlysur o godi'r ysgol ydoedd gwaith Charles, mewn oedfa yn y capel, yn pwyso ar yr angenrheidrwydd o gynnal ysgol ar y Sul, er mwyn i blant tlodion gael addysg a'u rhoi ar ben y ffordd. Yr oedd yr hen bobl wedi synnu ei fod yn meddwl cadw ysgol ar y Sul, er yn ofni dweyd dim wrtho i'r perwyl. Wedi dod o Charles i'r tŷ fe ddechreuodd holi yn daer, pwy oedd yno a wnae ddechre'r gwaith? Fe ddywedwyd wrtho am un o'r dynion ieuainc a oedd wedi cael ysgol ddyddiol, hwnnw oedd John Owen. Pwysodd Charles y mater yn daer ar John Owen, ac o'r diwedd ildiodd yntau. Dwy ar hugain mlwydd oed ydoedd efe y pryd hwnnw, a bu'n arolygwr ar yr ysgol am naw mlynedd a thriugain, sef hyd ei farw yn 1863 yn 91 mlwydd oed.
Y Llun dilynol, ebe Robert Ffoulk y gwehydd wrth Huwcyn y teiliwr, "A wyddosti beth, Huwcyn? Milyncodd Sion 'Rhenbant yr ysgol Sul drwy ei phlu a'r cwbwl. Weldi, ni fuasai gwaeth gen i fynd ar y gwehydd i weu ar y Sul na chadw ysgol." "Ac ni fuasai waeth gen innau fynd ar ben y bwrdd i bwytho un tipyn," ebe Huwcyn. Yr oedd John Robert Factory Tai'nlon yn fab i Robert Ffoulk, ac yr oedd yn gwrando ar y sgwrs yma yn hogyn o wyth i naw mlwydd oed, a glynodd y geiriau yn ei gof.
