Fe deimlwyd angen am helaethu'r capel. Yng ngwanwyn 1862 y dechreuwyd ar y gwaith. Rhyw 110 oedd nifer yr aelodau y pryd hwn. Ar ei agoriad fe roddwyd gofal y canu i John Lloyd Brynglas, a bu gwelliant amlwg ar y rhan hon o'r gwasanaeth.
Yn y flwyddyn 1866 y bu farw Thomas Griffith, wedi bod yn flaenor yma, ym mhob ystyr i'r gair, am tua 31 mlynedd. Yr oedd iddo awdurdod deddfwr yn yr eglwys. Gwr ydoedd yn myned wrth farn, ac nid wrth deimlad. Yr oedd yn ddyn o allu naturiol, a meddai'r wybodaeth angenrheidiol iddo yn ei swydd, ac yr ydoedd yn eithaf siaradwr. Efe a gadwai gyfrifon yr eglwys. Yr oedd yn flaenllaw yn y Cyfarfod Misol.
Oddeutu'r flwyddyn 1866 aethpwyd i deimlo'r ddyled yn fath o hunllef ar y gwaith, ac ymwrolwyd i'w symud. Ac wedi dechre ymysgwyd, fe ymwrolwyd gymaint fel ag i benderfynu cael y pregethwr am y Sul i'r Ceunant yn unig, canys fe dybid, ond symud ymaith y ddyled yn gyntaf peth, y gellid sicrhau hynny. Y cynllun y disgynnwyd arno oedd ffurfio pwyllgor i barhau am ugain mis, a nodi casglyddion i fyned trwy'r gymdogaeth i dderbyn rhoddion yn fisol, a chyflwyno'r cyfraniadau yn y pwyllgor, fel y gallasai'r ysgrifennydd baratoi taflen yn dangos rhodd pob un at y capel. Erbyn diwedd 1867 fe gafwyd fod yr arian mewn llaw a thipyn dros ben. Ymwahanwyd oddiwrth y Waenfawr ar y Sulgwyn, 1868, pryd y gwasanaethwyd gan Mr. John Roberts, Clynnog y pryd hwnnw, ac a adnabyddir bellach oreu fel Iolo Caernarvon.
Gwr ffyddlon gyda'r ysgol oedd William Roberts Tai newyddion, a fu farw trwy gwymp darn o graig yn chwarel Llanberis, Hydref 10, 1867. Mae'r ysgol wedi ei chadw yn lled lewyrchus ar hyd y blynyddoedd. Cymerer yma adroddiad ymwelwyr 1878: Ysgol Ceunant. Y mae yma fywyd a gweithgarwch, a hynny ar gynllun pur effeithiol. Athrawon effro a goleuedig, yn ymddangos i ni fel yn deall elfennau hanfodol swydd athraw. Cyfunir gyda'r addysg a weinyddir yn y dosbarthiadau hynaf yr athrawiaethol a'r ymarferol, ac ni esgeulusir gyda hynny y gelfyddyd o ddarllen. Gall fod hyn i'w briodoli yn bennaf i'r ffaith fod yma ddosbarth o athrawon yn cael eu cymhwyso, ac yn ymroddi i'r gwaith o ddysgu eraill, pan fo angen am hynny. Cwynir mai lled ddilewyrch yw'r
