Atebasant hwythau y gadawent i John Jones gytuno drostynt. Cynygiodd yr ustusiaid iddo ddeg swllt, fel y gallent gael tamaid i'w cario adref, a boddlonodd yntau i'w cymeryd, ac felly ymadawsant yn heddychlon a diderfysg. Yn mhen ychydig amser ar ol hyny, anfonwyd mintai o feirch—filwyr i ddal John Jones i'w roddi yn y carchar fel terfysgwr, ond yn ffodus, cafodd ef wybod am eu dyfodiad mewn pryd, a methasant a chael gafael arno, chwiliasant ei dŷ gyda dibrisdod a manylrwydd mawr, ond ni buont yn llwyddianus y tro hwnw. Ar ol hyn aeth John Jones i'r America, gan adael ei deulu ar ol i ymdaro fel y gallent. Yn mhen cryn amser dychwelodd o'r America, gan ddisgwyl y cawsai lonyddwch, ond nid felly a fu. Cymerwyd ef i'r ddalfa, a rhoddwyd ef yn ngharchar Rhuthin hyd y brawdlys. Y cyhuddiad a ddygwyd yn ei erbyn ydoedd, ei fod wedi mynu haner gini trwy drais oddiar yr ustusiaid. Parhaodd prawf am ddau ddiwrnod, ond y dydd olaf o'r prawf, daeth dyn cyffredin yn mlaen, a thyngodd iddo weled John Jones yn derbyn haner gini o aur, gan un o'r ustusiaid, ac iddo yntau roddi chwe'cheiniog yn ol, yr hyn oedd yn profi yn amlwg fod yno gytundeb rhyngddynt, ac nas gallasai fod yno na thrais na gorthrech, a barnodd y rheithwyr ei fod yn cael ei gam gyhuddo, ac felly daeth yn rhydd o afaelion ciaidd y creuloniaid a fynent ei gosbi. Disgynodd y trallod a'r erledigaeth hon ar John Jones o herwydd ei fod yn Annibynwr!!
Yn y flwyddyn 1789, cafwyd lle gan Meistri William a Robert Jones, o Dolgain, i godi y capel, a elwir yn gyffredin Capel Penystryd. Cafwyd prydles ar ddarn bychan a gwael o dir am 99 o flynyddoedd. Costiodd y lle ryw gymaint heblaw ardreth flynyddol o haner coron. Ymddiriedolwyr y capel oeddynt Meistri Abraham Tibbot, George Lewis, Benjamin Jones, a Robert Roberts. Agorwyd y capel tua diwedd y flwyddyn 1789, a chorpholwyd eglwys ynddo. Cangen o Llanuwchllyn yr ystyrid y lle am y ddwy flynedd gyntaf, a deuai Mr. Tibbot a phregethwyr Llanuwchllyn yma dros y Feidiog er pellder a gerwinder y ffordd. Bu Mr. Robert Price a'i briod yn gryn lawer o gymorth i'r achos yn nghymydogaeth Penystryd, yn enwedig yn ei ddechreuad. Efe fyddai yn myned i gyfarfodydd i ymofyn am gyhoeddiadau pregethwyr, a byddai ei dŷ ef yn agored i'w derbyn am flynyddau. Parhaodd ei briod ef yn ffyddlon gyda chrefydd hyd ddiwedd ei hoes, ond trodd ef yn wrthgiliwr cableddus, ac yn erlidiwr creulon! Y fath resyn fod un a ddechreuodd mor addawus, yn dybenu mor druenus. Bu Robert Owen a'i briod yn byw flynyddoedd lawer yn y Gilfachwen, ar ol marw Robert Price, a buont yn ffyddlon ac yn ymgeleddgar iawn i'r achos ar hyd eu hoes. Tua'r flwyddyn 1792, daeth Mr. William Jones yma. Yr oedd wedi bod am dymor yn Beaumaris, ond nid ordeiniwyd ef yno, ond wedi iddo dderbyn galwad yr eglwys yn Mhenystryd, urddwyd ef Mai 22ain, 1792. Nid oedd yr eglwys yn gallu rhoddi ond ychydig iddo at ei gynhaliaeth. Mewn llythyr at y Trysorfwrdd Cynnulleidfaol, dyddiedig Awst 26ain, 1796, dywed mai 13p. Y flwyddyn oedd y cwbl a dderbyniai o bob man at ei gynhaliaeth ef a'i deulu, a beth oedd hyny at gadw pump o honynt. Mae ei lythyr yn un o'r rhai mwyaf torcalonus o'r holl lythyrau y digwyddodd i ni eu gweled, y rhai a anfonid gan weinidogion Cymru at reolwyr y Drysorfa, yn y dyddiau hyny. Hawdd deall ar ei lythyr ei fod mewn tlodi dwfn. Dywed ei fod ef a'i deulu yn gorfod byw yn aml ar fara haidd a llaeth enwyn. , Nid rhyw lwyddiant mawr a fu ar ei weinidogaeth, er ei fod yn ŵr da
