Medi, 1780, urddwyd ef yn offeiriad cyflawn. Yn ddilynol i Lanfynydd cafodd guradiaethau Llanfair-ym-Muallt, a Llanddewi'r Cwm, yn Sir Frycheiniog. yng ngwasanaeth yr Eglwys Sefydledig o 1779 hyd 1786, pryd y cefnodd yntau fel ei dad ar yr Eglwys, ac yr ymunodd a'r Cyfundeb Methodistaidd. Pregethodd yn gymeradwy a defnyddiol yn y Corff hyd ei farw yn 1828.
Ynglŷn â William Williams yn ymadael â'r Eglwys Wladol, dywed y Parch. Thomas Charles:—"Pallodd yr Esgob ei urddo oherwydd ei afreolaeth yn pregethu ymhob man heb law yn Eglwysydd y plwyfau yr oedd yn gweinidogaethu ynddynt. Nid oedd yn cymeradwyo yr afreolaeth hwn yn ei feddwl yn ol llaw dros ei holl fywyd. Gweithred fyrbwyll ynddo, yr oedd yn ei barnu, ac y gallasai fod yn fwy defnyddiol pe buasai yn fwy araf a phwyllog.[1] Nid oes dim yn amwys yn y geiriau hyn o eiddo Mr. Charles, eithr rhag gorfod credu i Williams edifarhau cefnu ar yr Eglwys, a bod rhywfaint o'r hen gurad yn llechu'n ddirgel yn ei ysbryd ar hyd ei oes, gwna'r Parch. John Hughes ymdrech wrol i ddiddymu meddwl naturiol y geiriau trwy ddywedyd mai'r hyn a olygid ydoedd i Williams ofidio ar hyd ei oes oherwydd ymuno'n fyrbwyll â'r Eglwys ar y cychwyn a chymryd ei urddo'n ddiacon,"Dichon fod Williams yn edrych ar ei ysgogiadau gyda gweinidogaeth yr Efengyl o'r dechreuad yn fyr o bwyll a dwysder; yn cymeryd yn gyntaf ei urddo gan Esgob, a thrachefn yn bwrw ymaith yr iau a gymerasai arno ei hun mor ddiweddar, o dan y fath amgylchiadau nid rhyfedd a fuasai iddo ystyried ei waith yn myned i'r Eglwys, ac nid ei waith yn ei gadael, yn effaith ysgafnder a byrbwylldra."[2]
Y mae geiriau Thomas Charles yn rhy glir a phendant i'r esboniad hwn newid eu hystyr. Gwrthodwyd urddau llawn i Williams oherwydd ei afreolaeth yn pregethu mewn
