Rees pan yn ei gystudd, ac ysgrifenodd o'i enau, brif ffeithiau hanes ei fywyd, y rhai a anfonwyd ganddo i'r Drysorfa am 1871. Ganwyd ef ar ddydd Nadolig, yn y flwyddyn 1794, mewn tŷ bychan ar dir Llysfaen uchaf, plwyf Llanwenog. Mab ydoedd i Rhys Thomas Rhys, hetiwr wrth ei alwedigaeth, o Jane ei wraig. Symudodd y teulu i blwyf Cellan, lle y bu farw y tad, pan oedd Mr. Rees oddeutu 8 oed. Ar ol hyn, symudodd y fam a'r plant i le o'r enw Cwmbach, ar dir Trial Mawr, plwyf Llanarth, ardal enedigol y fam. Oddiyma aeth i Dihewid, i'r ysgol at un Samuel Davies. Aeth wedi hyny i fugeilia, i Llechwedd-deri-uchaf, i Hafodyrwyn, a Ffynonrhys, a'r olaf pan oedd oddeutu 12 oed. "Yr oedd fy mam," meddai, "yn arfer fy rhybuddio i gadw y Sabbath, i beidio dywedyd anwiredd, a gofalu dweyd fy mhader, ac effeithiai ei rhybuddion yn ddwys arnaf." Wedi gweled fod ei fam yn myned i ail briodi, teimlai ei fod yn myned yn ddigartref; a phan yn dyfod yn ol wedi ymweled â hi, "aethum," meddai, "i gyfamod â'r Arglwydd ar y mynydd wrth ddychwelyd, fel y byddwn byw iddo ef o hynny allan, ac nid anghofiais y cyfamod hwnw byth."
Arminiaid fu ef yn arfer wrando, hyd nes y daeth i Blaencefn fach, yn was penaf, pan oedd oddeutu 18 oed, oddiyno yr oedd yn myned i Lanarth i wrando y Methodistiaid. "Y pregethwyr fyddwn yn arfer wrando yno oedd Sion Dafydd, David Evans, Aberaeron; Ebenezer Morris, Ebenezer Richards, a Dafydd Siencyn, Cwm Tydu. Un boreu Sabbath, aethum i odfa i Llanarth, pan yr oedd seiat ar ol. Rhwystrwyd fi i fyned allan gan wraig y ty capel, yr hon a wyddai fod arnaf awydd aros yn ol er's tro, ond fy mod yn rhy wylaidd i dori trwodd. Byddwn yr adeg hono yn gweddio llawer noswaith trwy y nos, yn ymyl fy ngwely, ac yn derbyn pethau annhraethadwy. Teimlwn fy mod yn hapus iawn mewn canlyniad." Oblegid yr addysg gafodd yn ieuanc, nid oedd ganddo feddwl mawr am Iesu Grist, yr hyn fu yn boen mawr iddo. "Yr oedd fy mywyd yn hynod o anghysurus y pryd hwnw; oblegid os tywynai rhyw lewyrch yn yr odfa y Sabbath, deuai y meddwl isel am Iesu Grist wed'yn fel saeth anorchfygol. Cefais lawer o oleuni