Wrth weled y chwydd yn tyfu ac yn myned yn fwy dolurus, gwnaed cais i geisio ei ddiwreiddio, ond yr oedd y gwraidd wedi ymestyn yn rhy ddwfn i arfau y meddygon allu myned o dano. Ac ar yr 8fed o Fehefin, 1852, daeth angau rhyngddi a'i phoenau. Bu ei marwolaeth yn achos o alar mawr, nid yn unig yn y Faeldref, ond trwy y Dyffryn oll, ac i gylch eang o'i chydnabod.
Wedi colli ei anwyl briod, dymunodd Mr. Humphreys ar ei ferch a'i fab-yn-nghyfraith roddi eu tŷ i fyny yn y Dyffryn, a myned i fyw i'r Faeldref, fel y gallai yntau gartrefu gyda hwy. Gwnaeth y ddau—Mr. Morgan a'i briod—bob peth oedd yn eu gallu i'w berswadio ef i gadw y Faeldref yn gartref iddo ei hun. Ond nid oedd dim a'i boddlonai ef ond iddynt hwy gydsynio a'i gais; a rhag rhoddi tristwch ar dristwch iddo, aberthasant eu barn a'u teimladau eu hunain er ceisio ei ddiddanu ef. Chwalasent eu tŷ, oedd ganddynt wrth y capel, a rhoddodd Mr. Humphreys gymeriad y Faeldref drosodd iddynt. Wedi cyd-drigo am o gylch pum' mlynedd, dechreuodd Mr. Humphreys ystyried fod teulu y Faeldref yn lluosogi, a bod iechyd Mr. Morgan yn graddol wanhau, a'i fod yntau ei hunan yn heneiddio, a gwyddai y byddai yn rhwym o roddi llawer o drafferth iddynt cyn hir: ac yr oedd yn gweled nad oedd un lle i'r holl ofalon hyn ddisgyn ond ar ysgwyddau gweiniaid Mrs. Morgan. Gwyddai hefyd na buasai dim yn ormod gan ei ferch i'w wneyd er mwyn ei hapusrwydd; ond yr oedd Mr. Humphreys yn deall deddfau priodasol yn dda, a bod yn ddyledswydd arni roddi y flaenoriaeth i'w gofalon am ei phriod a'i phlant. Arweiniodd yr ystyriaethau hyn ef i farnu mai doethineb ynddo fuasai edrych am wraig. Wedi i deulu y Faeldref ddeall ei fod yn bwriadu ail-briodi, cynnygiasant y Faeldref yn ol iddo, a hyny am y rheswm fod yn well ganddynt hwy symud eilwaith nag iddo ef adael ei hen gartref. Ond ni fynai ef hyny: gan iddo gyflwyno y cwbl drosodd iddynt hwy, teimlai mai nid anrhydeddus ynddo fuasai cymeryd y fargen yn ol. Bellach nid
oedd ganddo ond ceisio dilyn y golofn, ac arweiniwyd ef i Werniago— ffermdy, yn mhlwyf Pennal, Sir Feirionydd. Ar y 29ain o Mehefin, 1858, prïododd â Mrs. Evans, yr hon a fu yn ymgeledd gymwys iddo hyd ddiwedd ei oes. Ganwyd iddynt un ferch.
