Ei waith cyntaf oedd rhyddhau Cymru oddi wrth y Saeson oedd yn diffeithio dyffrynnoedd yr Hafren ar Ddyfrdwy. Casglodd fyddin fawr, a llwyr orchfygodd ei elynion ym mrwydr Rhyd y croes, ar afon Hafren. Yn y frwydr honno cwympodd Edwin, brawd iarll Mercia, a llawer o swyddogion pwysig eraill. Cafodd y Cymry lonydd gan y Saeson am flynyddoedd lawer wedi'r frwydr hon. Tua 1039 yr ymladdwyd hi.
Gwaith nesaf Gruffydd oedd gwneud ei hun yn frenin yr holl Gymry. Ym mlwyddyn buddugoliaeth Rhyd y Groes, trodd ef a'i fyddin tua'r Deheubarth, lle'r oedd Hywel ab Edwin yn mynnu teyrnasu. Cymerodd Gruffydd Lanbadarn, gyrrodd Hywel o'r wlad, a llywodraethodd ar y Deheubarth ei hun. Ymhen rhyw flwyddyn daeth Hywel yn ôl o'r môr, a llu o fôr-ladron gydag ef, a bu brwydr rhyngddo â Gruffydd ym Mhen Cader, yn 1041. Ac y gorfu Ruffydd ar Hywel, ebe Brut y Tywysogion, ac y delis y wreic, ac ae kymerth yn wreic idaw ei hun. Dywed cronicl arall mai dyna'r unig dro wnaeth Gruffydd ab Llywelyn yn groes i feddwl gwŷr doeth ei wlad. Yr un fu ymddygiad ei orchfygwr ato yntau, fwy nag ugain mlynedd wedi brwydr Pen Cader.
Gydag i Ruffydd orchfygu Hywel fab Edwin, ymosododd y cenhedloedd duon ar oror Cymru. Gorfu Hywel ar y rhai oedd yn diffeithio Dyfed ym mrwydr Pwll Dyfach; ond syrthiodd Gruffydd ab Llywelyn i ddwylaw Daniaid Dulyn. Prynodd ei ryddid, ac yn fuan yr oedd yn ei ôl. Prynodd Hywel yntau wasanaeth llu o fôr-ladron, a daeth a llynges o genedl Iwerddon ymosod ar Gymru. Ym mrwydr Aber Tywi, yn 1044, cyfarfyddodd Gruffydd ef. Ac wedi bod creulawn frwydr a dirfawr aerfa ar lu Hywel a'r Gwyddyl, yno daeth diwedd Hywel a lladdwyd ef.
