Pan yn bur ieuanc, efe a ymunodd â'r fyddin. Yr oedd y rhyfel cartrefol, y rhyfel gwaedlyd hwnnw rhwng y brenin a'r senedd, yn ei anterth ar y pryd. Bu llawer o ddadleu yn mysg yr haneswyr ar ba ochr yr oedd Bunyan. Ond y mae lle cryf i dybied mai golygiad Macaulay sydd yn iawn; fod Bunyan wedi bwrw ei goelbren gyda byddin Cromwell, ac y mae yn dra phosibl mai o fysg y milwyr glewion hyny,—yr Ironsides, y cafodd efe yr anelwig ddefnydd i rai o'r cymeriadau sydd wedi eu cyd-blethu yn ei "Freuddwyd."
Y mae un ffaith, fodd bynnag, yn cael ei chrybwyll ganddo ef ei hun am yr adeg hon yn ei fywyd. Yr oeddynt yn gwarchae tref Leicester. Un noson, yr oedd efe i fod yn un o'r gwyliedyddion, ond am ryw reswm, dymunodd cyfaill iddo gyfnewid âg ef, ac felly y bu. Ym mhen ychydig oriau wedi hyny cafodd ei gynrychiolydd ei saethu yn farwol yn ei ben. Pe digwyddasai Bunyan fod ar y wylfa y noswaith honno, buasai y byd heb "Daith y Pererin," ac ni fuasid yn gwybod dim am ei enw. Ond yr oedd Bunyan yn "llestr etholedig" gan Ragluniaeth, ac yr oedd ei ben ef i wasanaethu pwrpas amgenach na bod yn nôd i fwledi y gelyn.
Peth arall a wnaeth pan yn dra ieuanc ydoedd priodi. Nid oedd ganddo nemawr ddim
