Ymunodd â'r eglwys fechan Ymneillduol yn Bedford, a chyn hir cafodd ei alw ganddi i bregethu yr Efengyl. A phrofodd ei weinidogaeth ymroddedig ei fod wedi ei alw gan yr "Hwn sydd yn ben uwchlaw pob peth i' eglwys;" ei fod yntau, megis Saul o Tarsus, yn apostol nid o ddynion, na thrwy ddynion, ond trwy ewyllys Iesu Grist." A pha beth bynnag oedd ei fedr i drwsio crochanau, ac i ymgeleddu llestri alcan, yr oedd ganddo allu diamheuol i drin llestri y cysegr, ac i ddarparu i'r Arglwydd bobl barod, i fod yn llestri aur ei deml Ef.
Ond yng nghanol ei ddefnyddioldeb fel pregethwr, cafodd ei lafur gwerthfawr ei atal, a bu yntau am flynyddoedd yn gennad mewn cadwyn. Yr oedd hyny yn ystod teyrnasiad Siarl yr Ail. Yr oedd hen ddeddfau gorthrwm wedi eu hadgyfodi. Un ohonynt oedd Deddf y Tŷ Cwrdd, deddf yn gwahardd cyd-gynulliad o Ymneillduwyr. Cauid eu haddoldai, a gorfodid y gweinidogion a'u cynulleidfaoedd i gyfarfod yn ddirgelaidd mewn coedwigoedd a thai annedd neillduedig ar hyd y wlad. Tra yn pregethu yn un o'r cyrddau gwaharddedig hyn, ym mis Tachwedd, 1660, cafodd Bunyan ei ddal gan y swyddogion gwladol. Gwysiwyd ef o flaen y Frawdlys, a chynygiwyd ei ryddhau ar yr amod iddo beidio pregethu a chynnal cyfarfodydd crefyddol. Ond nis gallai Bunyan gydsynio â'r
