Yn ein tyb ni yr olaf sydd debycaf i'r gwir. Yr oedd Morgan Williams yn briod a Catherine, merch Walter Cromwell, a chwaer Thomas Cromwell, Iarll Essex, y gwladweinydd galluog. Felly yr oedd cysylltiadau teuluaidd lled agos rhwng Joan gwraig Syr John a Thomas Cromwell. Bu i Syr John a Joan un-ar-ddeg o blant, sef Gregory, Peter, Richard, John, William, Bartholomew, Elinor, Johane, Jane, Mary, Ursula. Bu Gregory, y mab hynaf yn aelod seneddol dros Henffordd, yn sirydd dair gwaith dros Swydd Henffordd, a dwy waith dros Swydd Frycheiniog. Bu rhan o'r dreftadaeth ym meddiant ei ddisgynyddion hyd y flwyddyn 1854.[1] Bu Richard farw yn ddi-blant, ac ni wyddys beth ddaeth o hiliogaeth y lleill. Priododd Johane, un o'r merched, dair gwaith, a'r trydydd gwr oedd Thomas Jones, Porthffynnon, Tregaron, un sydd yn lled adnabyddus wrth yr enw Twm Sion Catti. Hi, yn ol traddodiad, oedd aeres Ystrad Ffin y bu Twm yn ei charu mewn modd mor wreiddiol a nodweddiadol.
Sonia Syr John yn ei ewyllys am ferch arall o'r enw Catherine. Hwyrach i Syr John fod yn briod ddwywaith, ac mai plentyn y briodas gyntaf oedd hon. Fodd bynnag, yr oedd hi yn wraig briod yn 1555,[2] a thybiwn oddiwrth hynny ei bod yn hŷn na'r plant eraill, gan y gwyddom fod Gregory, y mab hynaf wedi ei eni yn 1535.
Y cyfeiriad cyntaf a geir at Syr John yw'r cofnod
