Yr oedd ganddo diroedd lawer yn Sir Henffordd, ac efe hefyd oedd perchenog Priordy Aberhonddu. Ond tra eto yn ddyn canol-oed bu farw yn ei dy yn Henffordd ar y 15fed o Hydref, 1555.[1]
Dywed Nicholas, yn ei Annals of the Counties of Wales, ar awdurdod Theophilus Jones mae'n debyg, fod Syr John yn ffafr-ddyn gyda'r Brenin Harri, ac mai efe oedd awdwr, yn ogystal ag hyrwyddwr, y petisiwn a ddanfonwyd i'r Brenin i erchi cymundeb agosach rhwng Lloegr a Chymru.[2]
Yr ydym wedi methu dyfod o hyd i unrhyw dystiolaeth bendant fod llaw gan Prys yn y mudiad hwn, er fod y peth yn debyg o fod yn gywir. Rhaid cofio ar yr un pryd nad oedd Syr John mewn safle bwysig cyn 1536, ac y mae yn anhawdd credu fod yn bosibl iddo yn uniongyrchol beth bynnag ddylanwadu ar y Brenin. Ond yr oedd yn was i Cromwell, ac yn ddiameu yn dyfod i gyffyrddiad parhaus a'i feistr, a chan mai Cromwell oedd y prif offeryn i ddwyn oddiamgylch ddymuniadau y Brenin, gallwn fod yn sicr fod y Cymro ieuanc wedi gwneyd ei oreu i hyrwyddo unrhyw fudiad a fyddai er lles ei wlad, trwy egluro safle pethau yng Nghymru.
Llyfrau Syr John
Ysgrifennodd Syr John Prys nifer o lyfrau a thraethodau, ond ychydig o honynt sydd
wedi eu cyhoeddi, ac y mae'r lleill yng nghudd
